- Зосимы и Савватия (приходская);
- Кирилла Белозерского (домовая при Вологодской духовной семинарии);
- Афанасиевская (бесприходная);
- Никольская на Сенной площади (приходская);
- Спасо-Всеградский собор (бесприходный);
- Иоанна Предтечи в Рощенье (приходская);
- Кирилла Белозерского в Рощенье (приходская);
- Феодора Стратилата (бесприходная);
- Петра и Павла (приходская);
- Рождества Богородицы на Нижнем Долу (приходская);
- Свято-Духовская (монастырская);
- Знаменская (монастырская);
- Екатерининская (приходская);
- Никольская на Глинках (приходская);
- Иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» (домовая при Вологодской тюрьме);
- Иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» (домовая при земской больнице);
- Покрова Богородицы на Козлене (приходская);
- Часовня Арсения Комелъского;
- Часовня иконы Божией Матери «Казанская» на Гостинодворской площади;
- Часовня иконы Божией Матери «Казанская» на Пречистенской набережной;
- Лазаревская (кладбищенская);
- Троице-Герасимовская (приходская);
- Гавриило-Архангельская (приходская);
- Рождества Богородицы на Верхнем Долу (приходская);
- Никольская «Золотые кресты» (на Горе) (приходская);
- Алексеевская надвратная (монастырская);
- Успенская (монастырская);
- Воскресенская (приходская);
- Иоанна Богослова (приходская);
- Михаило-Архангельская (приходская);
- Ильинская (холодная, приходская);
- Варлаама Хутынского (теплая, приходская);
- Константина и Елены (Цареконстантиновская) (приходская);
- Гавриило-Архангельская (теплая, приходская);
- Владимирская (холодная, приходская);
- Введенская (домовая при епархиальном училище);
- Власиевская (приходская);
- Рождества Богородицы (кладбищенская);
- Благовещенская (приходская);
- Пятницкая (приходская);
- Покрова Богородицы на Торгу (холодная, приходская);
- Казанская (теплая, приходская);
- Александра Невского (бесприходная);
- Софийский собор (холодный);
- Воскресенский собор (теплый);
- Воздвиженская надвратная (бесприходная при Архиерейском доме);
- Рождества Христова или Стефановская (домовая при Архиерейском доме);
- Вознесенская (бесприходная);
- Спасо-Преображенская на Болоте (приходская);
- Часовня Белоризцев;
- Часовня Николая Рынина;
- Иоанна Предтечи в Дюдиковой пустыни (холодная, приходская);
- Знаменская (теплая, приходская);
- Леонтиевская (приходская);
- Антипиевская (приходская);
- Георгиевская на Наволоке (теплая, приходская);
- Георгиевская на Наволоке (холодная, приходская);
- Сретенская (приходская);
- Иоанна Златоуста (Жен Мироносиц) (приходская);
- Димитрия Прилуцкого на Наволоке (холодная, приходская);
- Успенская на Наволоке (теплая, приходская);
- Никольская во Владычной слободе (приходская);
- Спасо-Преображенская во Фрязинове (Андрея Первозванного) (приходская);
- Введенская (кладбищенская, холодная);
- Введенская (кладбищенская, теплая);
- Александра Невского (домовая при детском приюте);
- Александра Невского (домовая при реальном училище);
- Свято-Духовская (домовая при мужской гимназии);
- Покрово-Александрийская (домовая при женской гимназии);
- Иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» (домовая при Вологодском арестантском отделении).
- Полужирным шрифтом отмечены ныне существующие храмы;
- подчеркнуты – действующие.